Wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym pokryciem x10

Order Newsletter: 2020 Position: (oferta nr 3589424)

Client
Instytut Dendrologii PAN
State
wielkopolskie
Address
62-035 Kórnik, ul. Parkowa 5
Phone
618 170 033,
Fax
618 170 166
www
http://www.idpan.poznan.pl/bip
E-Mail
idadmin@man.poznan.pl,
Created
2020-10-27

Instytut Dendrologii PAN

Section I - The contracting

I.1) Name and address: Instytut Dendrologii PAN ul. Parkowa 5 62-035 Kórnik wielkopolskie tel. 618 170 033, fax. 618 170 166 REGON 32615000000000 http://www.idpan.poznan.pl/bip

I.2) Type of contracting: Inny

Section II - Object of the contract

II.1) Definition of contract object

II.1.1) Name of order: Wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym pokryciem x10

II.1.2) Type of contract: Services

II.1.3) Definition and size or range of contract: Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym głębokim pokryciem x10. Usługa wykonana zostanie z wykorzystaniem materiału Fagus orientalis dostarczonego przez Zamawiającego w postaci 165 prób wyizolowanego genomowego DNA. Zamawiający dokona oceny parametrów jakościowych i ilościowych próbek genomowego DNA (czystości, jakości i stężenia). Próbki dostarczane będą w dwóch płytkach 96-dołkowych typu DNA LoBind Plates. Zamawiający planuje wysłanie próbek w dwóch transzach. Koszty transportu próbek w suchym lodzie pokrywa Zamawiający. Niewymagany jest zwrot niewykorzystanego materiału po zakończeniu sekwencjonowania. W zakres świadczonej usługi dla zadania muszą wchodzić: 1. Kontrola jakości dostarczonych próbek do sekwencjonowania. 2. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego genomowego DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS przy pomocy sekwenatora firmy Illumina. Biblioteki zostaną przygotowane wyłącznie przy użyciu oryginalnych, licencjonowanych i zweryfikowanych zestawów Illumina. Strona zamawiająca nie dopuszcza użycia odpowiedników i niezwalidowanych zestawów. 3. Kontrole jakości przygotowanych bibliotek. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer Qubit lub Tapestation. 4. Sekwencjonowanie na platformie HiSeq 4000 lub NovaSeq6000 lub wyżej z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości odczytu 2x150bp z głębokim pokryciem x10. Spodziewana średnia liczba odczytów na próbkę powinna wynosić ok. 5.5 Gbp. Poziom zduplikowanych odczytów w zakresie <5%. Jeśli poziom przekroczy 5%, próbka będzie dalej sekwencjonowania, aby dostarczyć określoną ilość danych. Przynajmniej 80% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć odczyt o jakości Qscore>30 lub więcej. 5. Wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. 6. Wstępna obróbka informatyczna uzyskanych danych obejmująca demultipleksowanie i przycinanie adaptorów. Ponadto Wykonawca przeprowadzi standardową kontrolę jakości danych (jakość i ilość) przed dostarczeniem ich do Zamawiającego. 7. Dostarczenie plików wynikowych w formacie Fastq dla 165 próbek na 8Tb HDD dostarczonych przez Zamawiającego, odsyłanych do Strony zamawiającej po wypełnieniu danymi na koszt Zamawiającego. 8. Wsparcie techniczne w trakcie przygotowywania przez Zamawiającego prób do sekwencjonowania oraz bieżące informowanie Zamawiającego o postępach i etapach pracy poprzez regularną komunikację z dedykowanym przez serwis prowadzącym projekt. 9. Zamawiający gwarantuje realizację usługi na poziomie min. 70%.

II.1.4) Common Procurement Vocabulary (CPV): 73111000-3

II.1.5) Whether submitting a partial offer: no

II.1.6) Whether submitting a variant offer: no

II.1.7) Is expected to provide supplementary contracts: no

Section III - Information on legal, economic, financial and technical

III.1) Conditions relating to the contract:

Security deposit: No information

Section IV - The tender procedure

IV.1) Contract awarding procedure: open tender

IV.2) Tender evaluation criteria:

IV.2.1) Tender evaluation criteria: No information

IV.2.2) An electronic auction will be used: no

IV.3) Administrative information:

IV.3.1) The website address, which is available terms of reference: No information

IV.3.4) Time limit for receipt of requests to participate or tenders: No information